GenKök’te Biyoinformatik Stajı

Bu yazımı aslında 07.07.2014’de yayınlayacaktım, ama stajın yoğun temposundan ötürü fotoğrafları ekleyip paylaşmak bugüne kısmet oldu. Yazılarımın devamı gelecek. 

07.07.2014

Bu yaz güzel geçecek görünüyor. Neden mi? Şimdi fonda uykusuz her gece çalsın. Ama bu durumdan şikayetçi olmak değil, aksine hayli heyecanlıyım 🙂 Hatta bu yazıyı da gece yarısına girmişken staj yerimizden yazıyorum.

http://biyoinformatiktr.blogspot.com.tr/ takip edenler bu yaz GenKök’te Ahmet Raşit Öztürk liderliğinde Biyoinformatik eğitimi/stajı yapılacağını görmüş duymuş olmalı. Ben de bu fırsattan faydalanacak olanlardan biri olduğum için kendimi şanslı hissediyorum. Bugün stajımızın ilk günüydü. Yaz stajının blogunda (http://yazstaji2014.blogspot.com.tr/)  Haziran grubunu gelmeden takip ediyordum(tamam itiraf edeyim hepsini okumadım) ama blogda okuduklarım buraya geldiğimde az çok nelerle karşılaşacağıma dair ipuçları veriyordu.

Okumaya devam et

Bat dosyasında Toplu Dosya İsmi Değiştirme

Yirmi gündür yerinde duran bloguma yeniden başlıyoruz. Bugün öğrenmiş olduğum küçük bir tüyoyu paylaşacağım. Toplu dosya isimlerini değiştirmek üzerine ufak bir sıkıntım vardı. Bunu program kurmadan nasıl çözebilirim?(bu arada ayrıca .bat dosyalarında nasıl çalışılır onu da öğrenmeye çalışıyorum).

Şurada dosya değiştirme amacınıza göre farklı çözüm yolları sunulmuş. Bunlar işinizi görebilir: http://www.howtogeek.com/111859/how-to-batch-rename-files-in-windows-4-ways-to-rename-multiple-files/

Yukarıdaki linkte olmayan bir çözüm yolunu da ben sunayım. Elinizde analizini yapacağınız verilerin dosya isimleri gereksiz derecede uzun mesela 30-35 karakter olarak girilmiş, bunu daha sade hale getirmek için tek dosyaların üstüne farenizi getirip düzeltmek yerine BAT dosyasında işlem yapmak daha kolaylık sağlayacak.

Örneğin analizini yapacağınız veri dosyalarının isimleri şöyle sıralansın

 

SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_1_1.txt

SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_1_2.txt

SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_1_3.txt

SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_2_1.txt

SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_2_2.txt

SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_2_3.txt

SG12414234_254606410280_S001_miRNA_1100_Jul11_1_1.txt

SG12414234_254606410280_S001_miRNA_1100_Jul11_1_2.txt

SG12414234_254606410280_S001_miRNA_1100_Jul11_1_3.txt

.

.

.

Bu dosya isimleri böyle gider. Misal elimizde 48 adet dosya var.  Bu dosyaların isimlerini biraz basitleştirmek için ortak karakterleri çıkartalım:

S79_1_1.txt

S79_1_2.txt

S79_1_3.txt şeklinde olsun.

Sorun: BAT dosyası ile isim değiştirmeyi nasıl yaparız?

Çözüm: BAT ile çalışabilmek için bazı MS-Dos komutlarını bilmek gerek. Burada işimize yarayacak olanlar ise REN ve/veya  COPY komutları olacak.

Dosyalarınızın bulunduğu dizin içinde önce bir bat dosyası oluşturalım.  Açmış olduğunuz text dosyasını .bat uzantılı olarak kaydettiğinizde .bat uzantılı bir dosya elde etmiş olacaksınız. Bunun içerisinde düzenleme yapabilmek için bu dosyayı sağ tıklayıp “düzenle”yi seçiniz. İşlem yapmak istediğiniz dizinin içinde bat dosyasını açtığınız için dosyaların ayrıca lokasyonunu belirtmenize gerek kalmadan sadece isimlerini yazmanız yeterli olacak. Yukarıda verdiğim örnekten devam edelim:

COPY dosya_adi.uzanti yeni_dosya_adi.uzanti 

COPY SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_1_1.txt S79_1_1.txt

COPY SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_1_2.txt S79_1_2.txt

COPY SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_1_3.txt S79_1_3.txt

COPY SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_2_1.txt S79_2_1.txt

COPYSG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_2_2.txt S79_2_2.txt

COPY SG12414234_254606410279_S001_miRNA_1100_Jul11_2_3.txt S79_2_3.txt

COPY SG12414234_254606410280_S001_miRNA_1100_Jul11_1_1.txt S80_1_1.txt

COPY SG12414234_254606410280_S001_miRNA_1100_Jul11_1_2.txt S80_1_2.txt

COPY SG12414234_254606410280_S001_miRNA_1100_Jul11_1_3.txt S80_1_3.txt

Verileri girdikten sonra bat dosyasını kaydedin. .bat uzantılı dosyanızı çift tıklayıp çalıştırdığınızda bu text dosyalarının isimlerinin değiştirilerek  kopyalandığını görmüş olacaksınız. Bat dosyasını çalıştırmanın diğer bir yolu ise komut satırında işlem yaptığınız dizinin altındayken .bat dosyasının adını yazıp enter’a basmak.

Copy yerine REN komutu kullandığınız takdirde sadece dosyanın ismini değiştirecektir. Copy komutunda hem dosya ismini değiştirmiş oldunuz hem de kopyalamış oldunuz.

Yeni bir soru: Bu işlemleri dosyaların üstüne tek tek gelip de gerçekleştirebiliriz. Bu yöntem bize nasıl bir avantaj sağlıyor?

İsimlerini değiştirdiğiniz dosyaların sayısı arttıkça yeni isimleri hatalı şekilde girme ihtimaliniz de artmakta. İsimlendirmesi yukarıdaki gibi dosyalarda yapılacak toplu işlemlerde bu yöntem hatalı giriş yapma ihtimalinizi de düşürecektir. Daha da önemlisi daha az vaktinizi alacaktır.

Not: Yukarıdaki örnekte sadece isim değişikliğine yer verdim. Aynı şekilde uzantılarını da değiştirebilirsiniz.

Haydi Python öğrenelim!

keep-calm-and-learn-python-1

Haydi kızlar Python öğrenmeye!

Hayır bu blogda Pyhton hakkında ansiklopedik bilgiler bulmayacaksınız. Zaten  hem Türkçe olarak hem de İngilizce olarak Pyhton öğrenme kaynaklarına erişim oldukça kolay. Kolay değil diyorsanız sizi buraya alalım: Tık tık. Yaşasın özgür yazılım!(şimdi biraz daha geek gözüktüm, yaşasın özgür yazılım filan). Şimdiye kadar bilişim teknolojisi olan ilişkimde öne çıkan bir ilgi alanım olmamıştı. Sadece kafam biraz daha fazla basıyor =) Python öğrenmeye sadece farkındalığım olsun diye öğrenmeye karar vermiş değilim tabii ki 🙂

Biyoinformatik alanında çalışmak istiyorum. Bunun için de salt moleküler biyoloji bilgim yeterli olmayacak. Onu biraz baharatlamak gerek. Mutfakta yumurta var ama mantar kabak filan da eklesek, hmm bence çok lezzetli olur. Bu arada mantarlı kabaklı omleti tavsiye ederim, şahane oluyor ^^ Mantarlı omleti seviyorum ama kodlamaya dair hiç bir şey bilmiyorum. Daha İÜ’deyken pek değerli arkadaşlarım Emre ve Umut’un katkıları ile Ubuntu kullanmışlığım da vardı. Ama bu kullanımım sadece klasik bilgisayar kullanıma dahil olan office programları(MS Office’e alışan biri olarak Liber Office ne zor gelmişti), internet ve müzikten ibaretti. Yani ne GNU/linux’ta ne de Windows’ta komut satırını açan kısa yoldan bile bihaberdim. Çünkü ihtiyacım yoktu, ya da ihtiyacımın olup olmadığını bile bilmiyordum.

Python hakkında yukarıda da dediğim gibi dileyen için pek çok güzel Türkçe kaynak mevcut. Onlardan biri istihza.com. Python programlama dili hakkında Fırat Özgül’ün oldukça anlaşılır bir Türkçe ile yazdığı kitap kesinlikle altın değerinde. Hele benim gibi sıfırdan başlayan Pyhton öğrenmek için gerekli altyapıya sahip olmayan biri için 🙂  Ben ingilizcesine de bakayım, oralardan öğreneyim diyorsanız önce Python’un kendi resmi sitesine http://www.python.org/ sonra Meren’in kendi blogunda verdiği referanslara da göz atabilirsiniz: http://meren.org/python/.

Eğer kitap için gerekli altyapıya sahip değilseniz bu kaynak bu konuda da size yardımcı oluyor. Pyhton’un hangi sürünümü derseniz Python 3. Sadece istihza değil diğer kaynaklar da Pyhton’u öğrenmeye yeni başlayanlar için Python 3ten başlayıverin yavcucaklar diyorlar.

Peki GNU/Linux mu yoksa Windows’ta mı öğrenmeli? Ben Ubuntu’dan başladım, tekno abiler Ubuntu’dan başlaman daha güzel olur dediler. İrmik helvasını dondurmalu yemek nasıl daha lezzetliyse, bu da öyle olacak. Eyvallah dedim başladık bakalım.Tabii ben ayrıca Ubuntu da kurdum daha güzel öğreneyim diye. Ama Python öğrenirken yanında size Ubuntu’yu öğrenme kılavucu da verelim. Ubuntu kullanıcılarının yaptıkları destekler ile harika bir wiki kaynağı olmuş. Özellikle Windows’tan Ubuntu’ya geçenler için verdikleri kılavuzda kullanılan terimler ayrıca harika. Örnek verelim, Windows tuşuna “süper tuş” demişler. Bunu okuduğumda bir an tereddüte düştüm, acaba hep “süper tuş” mu deniyordu diye. Ama değilmiş, olsun, Ubuntu kullanmaya daha fazla merak uyandırıyorlar. Acaba başka bir çeviride nasıl bir güzellik yaptılar? =)  Linki de şuraya verelim: Windows’tan Ubuntu’ya Geçiş Rehberi

Bu yazıyı yazma sebebim ise Python öğrenme iştahımın sönmemesi ve öğrendiğim benim açımdan farklı olan bilgileri paylaşmak. Daha yeni yeni Ubuntu’nun komut satırına alışıyorum. Henüz gerekli altyapıyı sağlamlaştırma çalışmaları aşamasındayım 🙂

Neydi bizim kısa yol neydi: CTRL+ALT+T.

Umarım öğrenme iştahım kaybolmaz ve en azından bir yılan oyunu yapabilirim ^^

 

GDO’lu pirinç ve bilim

Aslında aşağıda belirteceğim metni facebook üzerinden sadece arkadaşlarımla paylaşıp, sevgili Bilgenur‘un düşüncelerini desteklediğimi gösterecektim. Ama Bilge’nin yazdıkları kesinlikle önemli noktalara vurgularını yapmıştı ve facebook paylaşımları arasında kaybolmasına da içim razı gelmedi. Son dönemde medyada çıkan haberler suratımızı ekşitmeyecek cinsten değil ne yazık ki…

Mersin’deki ortaya çıkan GDO’lu pirinç skandalında 6 kişi serbest bırakılıyor ve yıllarını araştırmaya, bilim yapmaya adamış ve gönül vermiş birini zorla istifa ettirmek ne kadar çirkin! Ne kadar hoş zamanlar yaşıyoruz!  Temel bilimlere olan ilginin yüksek bir hızla düşmesine mi yanmalı, yoksa bir kalemde işine son verilen bir bilim insanına mı? Neyse sözü daha uzatmayım, siz Bilge’nin yazdıklarını okuyun:

Okumaya devam et

Radyo Biyoloji’de yayına devam!

radyoRadyo Biyoloji’de geçen akşam(10.01.2013)’de 5.yayınımı da gerçekleştirmiş oldum. Aslında “yapabilir miyim acaba?” soruları ve endişesini taşıyarak başladığım bu işten kesinlikle zevk aldığımı belirtmeliyim. Çünkü daha önceki tecrübelerimden farklı olarak lisansdaki öğrendiklerimden farklı bir alana bu kez sapmış değilim 🙂 Daha önce tecrübe ettiğim çalışmalardan tabii ki pişman değilim, ama birikimlerim doğrultusunda ilerlemeye çalışmak, yeni şeyler katmak ve en önemlisi de paylaşmak şu an inanılmaz bir zevk veriyor. İnsan ürettiği müddetçe yaşadığını hisseder. Tüketim çılgınlığı içinde olduğumuz bir dönemde bir şeylere üretebilmek, ortaya kaliteli işler koymaya çalışmak  ve en önemlisi de emek kavramını idrak edebilmek ne kadar güzel. Gün geçtikçe daha iyi çalışmaları insanlarla paylaşabilmek… Tabii bunda Radyo Biyoloji ekibinde çalışan arkadaşların vefakarlıkları da çok önemli rol oynuyor 🙂

Lafı uzatmadan Okumaya devam et

Radyo Biyoloji Yayında!

 

radyo-biyoloji

Sosyal medya kanallarıyla benim kadar haşır neşir olan birisi bazı dönemler sosyal medyadan nefret eder bazen çok sever. İyi ki sosyal ağlar var dediğiniz dönemler de olur, ya da nereden tanıdım yahu ben bu insanları dediğiniz zamanlar da…  Sevmediğimiz taraflarını karıştırmadan amman irdelemeden güzel yönlerine bakalım 🙂 Çok değil, bundan yaklaşık 1-1,5 ay öncesinde Radyo Biyoloji ailesi ile tanıştım. Hatta ekipte çoğunluk bu platformda buluştular. Bu yazımda Radyo Biyoloji ile tanışma hikayemden ve Radyo Biyoloji’den bahsedeceğim. Okumaya devam et